Hoa sen (tiếng Phạn: padma; tiếng Nhật: renge) trong Phật giáo là biểu tượng của sự thuần khiết và sinh hóa hồn nhiên (svayambhu). Theo kinh Lalitavistara, phần tâm linh của con người thì vô nhiễm, giống như hoa sen mọc trong bùn mà không bị hôi tanh bởi bùn. Còn theo Phật giáo Mật tông thì trái tim con người giống như đóa sen hàm tiếu, khi Phật tính phát triển bên trong thì đóa sen sẽ nở. Đây chính là ý nghĩa của việc Phật ngồi trên tòa sen. Các đoá hoa sen có màu khác nhau biểu thị những liên kết khác nhau.
Sen trắng tượng trưng cho sự thuần hóa của nhân tính, bồ đề tâm hay còn gọi là giác tâm, thường có 8 cánh ứng với Bát chính đạo.
- Sen đỏ tượng trưng cho bản chất nguyên thuỷ của trái tim, là đoá hoa của tình yêu, đam mê và sự năng động.
- Sen xanh là biểu tượng của trí tuệ, tri thức của chiến thắng của tinh thần đối với các cảm quan.
- Sen hồng là loại sen tối thượng, thường được dành cho các vị tối cao.
- Sen tím thẫm là đóa sen huyền diệu, biểu thị những ảnh tượng của phái Mật tông. Các đoá hoa có thể đang còn e ấp hoặc đã được nở bung hết. Chúng có thể được nâng đỡ bởi một cọng hay ba cọng hoa (tượng trưng cho ba phần của Garbhabatu: Vairocana, hoa sen và vajra) hoặc năm cánh hoa tượng trưng cho Năm tri thức của Vajradhatu.